氣調冷庫籌建氣調庫時，往往認為貨源不成問題，待庫建成后，在組織貨源上卻遇到麻煩，導致有些氣調庫因收不到足夠的原料而效率低下。在質量方面，一是果農對貯藏果蔬質量的嚴格要求不了解，未能把好果蔬原料質量關，使得貯藏果蔬的原料質量很難控制，從而造成原料收購難，原料分級挑選處理難，影響了貯藏果蔬的質量;有些氣調庫限于人力、財力的不足，對入庫果蔬未加嚴格挑選、檢查，很難滿足氣調貯藏果蔬的質量要求。
二是進入氣調庫貯藏的農產品，要求采收后不得超過4～8小時，最多不能超過48小時(部分北方水果)就應及時入庫貯藏，才能保證其新鮮度;然而我國果園的傳統做法是將果品采摘后堆積在一起，等到樹上的果實全部采摘完后，再陸續分選、包裝、準備外銷或入庫，前后時間最短也得在10小時左右。
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